Výběr detekčního systému je dalším klíčovým krokem v IHC protokolu. V dnešní době se již v rutinní praxi nepoužívají starší biotinové kity, ale moderní polymerní systémy. Polymerní detekční systémy vykazují excelentní výsledky se všemi typy protilátek, nedělají pozadí a mají vysokou robustnost, což znamená, že snadno zobrazují i slaběji exprimované antigeny.

V nabídce naší společnosti jsou mikropolymerní detekční systémy od americké společnosti BioSB a německé ZYTOMICS (Zytomed-Systems), založené na mikropolymerech, jež umožňují ještě přesnější detekci primární protilátky. Oba výrobci nabízí také detekční soupravu na bázi streptavidin-biotinu a duální detekční systém pro doublestaining v kombinaci králík/myš a chromogenní detekci s AP či HRP.